佐伯駅は大正５年１０月２５日、南海部郡佐伯町に開業した。大分〜佐伯６４．９キロを結ぶ佐伯線の工事は明治４５年２月に着手。大分→幸崎（Ｔ３．４．１開業）幸崎→臼杵（Ｔ４．８．１５開業）と順次営業を開始し、残る臼杵→佐伯間も大正５年に開通した。完成後は豊州本線に編入された。

　佐伯では盛大な開通式典が行われ、町は３日間にわたり、祝賀行事で賑わった。町民４０００人の旗行列はいまも語りぐさだ。記念して南海部郡連合運動会も開かれた。佐伯は、別府と同じ３等駅で、大分（２等駅）に次ぐ等級だった。駅員は９０人近かった。開業翌年の大正６年３月、佐伯を起点に延岡に向けて日豊北線の工事が始まった。

建設時に町の中心部に駅をつくることに反対したため、大手前から２キロも北にずれた。開通当時の駅前は、わずか２軒の家があるばかりの空き地だった。市の発展とともに、市街地も北に伸び、駅前も発展したが、中心街からは遠く、この不便さはいまも続いている。 　駅名は昭和３７年に「さえき」から「さいき」に改称した。駅舎は昭和５４年に、３億円をかけて改築された。外観は凸凹で、複雑な形。駅キヨスクは待合室の中にある。駅窓口とジョイロードは合体していて、利用しやすい。正面玄関北側にはＳＬの動輪が置かれている。駅南側には、駐車場駐輪場の入り口に新しい観光案内所ができた。

＜佐伯と後藤新平＞ 　佐伯に鉄道ができたのは後藤新平のおかげといわれている。明治４３年１０月、当時の逓信大臣・鉄道院総裁だった後藤が視察に訪れた。人力車から、宿舎のふとん、いす、せっけんまで取りそろえ。町民や小学生が日の丸の小旗を振る歓迎ぶり。当時大分以南の鉄道ルートは▼大分―三重―小野市―延岡と▼大分―臼杵―佐伯―延岡が競い、三重案がやや有利だったが、後藤は海岸線案を決断した。

　開業時、駅北側には転車台や矩形庫が設けられた。日豊線が開業してからは大分〜南延岡の中間地点で、機関支区が置かれた。機関車の配置はなく、乗務員のみ。大分鉄道管理局（→ＪＲ大分支社）管内では延岡・南延岡が分鉄南端の重要駅（統括駅）だったが、平成８年に宮崎総合鉄道事業部が発足したのに合わせ、市棚以南を鹿児島支社に移管。佐伯が大分支社南端の中核駅になる。１３年からは新鋭８８５系「白ソニック」も発着。１６年３月には大分〜佐伯の最高速85km/hを110km/hに引き上げる高速化工事が完了し、最大８分の時間短縮。佐伯は特急「にちりん」１３往復（３往復増）「白ソニック」２往復が発着する。一日乗降は３０００人。